종합부동산세 합산배제·과세특례 신고는 9월 30일 자정에 닫히고, 이 글을 쓰는 9월 28일 기준으로 이틀 남았습니다. 신고 기간은 9월 16일에 시작했고, 국세청은 9월 10일에 대상으로 예상되는 납세자 4만 8천 명에게 안내문을 보냈습니다. 지금 신고하면 11월 정기고지에 반영되고, 넘기면 12월 고지서가 그대로 나옵니다. 아래는 2026년 9월 기준입니다.
누가 신고 대상인가
이름은 하나로 묶여 있지만 제도는 둘입니다. 합산배제는 과세 대상에서 특정 부동산을 아예 빼는 것이고, 과세특례는 계산 방식을 1세대 1주택자 방식으로 바꿔 주는 것입니다. 내 물건이 어느 쪽인지부터 가려야 신고서 종류가 정해집니다.
| 제도 | 대상 | 효과 |
|---|---|---|
| 합산배제 | 등록 임대주택 (전용면적·공시가격 등 법정 요건 충족) | 과세표준 합계에서 제외 |
| 사원용 주택 등 (기숙사, 미분양 주택 등) | ||
| 주택신축용 토지 (주택건설 사업자가 취득한 토지) | ||
| 과세특례 | 일시적 2주택 (이사 등으로 잠시 2주택) | 1세대 1주택자 방식으로 계산. 기본공제·세액공제에서 차이 |
| 상속주택 | ||
| 지방 저가주택 (수도권 밖 일정 가격 이하) | ||
| 부부 공동명의 1주택 |
여기에 주택 수 산정에서만 빼 주는 특례가 따로 있습니다. 소형 신축주택, 지방의 준공 후 미분양주택, 인구감소지역·관심지역 주택은 신청하면 주택 수에서 제외돼 3주택 이상에 적용되는 중과세율을 피할 수 있습니다.
임대사업자가 아닌 일반 가정에서 이 신고가 실제로 해당되는 경우는 대개 부부 공동명의 1주택 특례 하나입니다. 임대사업자 등록이나 미분양 주택은 대부분 사업자의 일이고, 집 한 채를 부부 이름으로 나눠 가진 집이 위 표에서 걸리는 줄은 마지막 줄입니다.
부부 공동명의 1주택자는 무엇을 고르나
부부 공동명의 1주택자는 두 방식 중 하나를 선택합니다. 지분을 각자 따로 계산하는 방식과, 한 사람을 납세의무자로 정해 1세대 1주택자로 계산하는 방식입니다. 국세청 안내 기준으로 각자 계산하면 부부가 각각 9억 원씩 공제받고 세액공제는 없으며, 특례를 신청하면 공제금액이 12억 원이 되는 대신 납세의무자로 정한 사람의 연령(만 60세 이상 20%, 65세 이상 30%, 70세 이상 40%)과 보유기간(5년 이상 20%, 10년 이상 40%, 15년 이상 50%)에 따라 합계 최대 80%의 세액공제를 받을 수 있습니다. 신청할 때는 혼인관계증명서를 첨부합니다.
그래서 “공동명의면 무조건 따로 계산이 유리하다”는 식의 통념으로 정하면 안 됩니다. 같은 공시가격이라도 한 사람의 보유 기간과 연령 조건에 따라 결과가 뒤집힐 수 있으므로, 홈택스 모의계산으로 두 경우의 세액을 직접 비교한 뒤 유리한 쪽을 신청하는 것이 맞는 순서입니다.
한 번 신청한 뒤 내용에 변동이 없으면 다음 해부터는 다시 신청하지 않아도 계속 적용됩니다. 지분 변동, 다른 주택 취득, 요건 변경이 있으면 다시 신고해야 합니다.
홈택스 신고 절차와 이틀 안에 끝내는 방법
신고 경로는 홈택스 전자신고와 관할 세무서 서면 제출 두 가지입니다. 세무서 방문이 어렵다면 전자신고가 현실적인 경로이고, 국세청은 전자신고에 다음 세 기능을 붙여 두었습니다.
- 미리채움 — 보유 부동산 명세를 불러와 신고서에 자동으로 채웁니다
- 합산배제 진단 — 요건을 갖췄는지 미리 점검합니다
- 세액 모의계산 — 신청했을 때와 안 했을 때의 세액을 비교합니다
순서는 홈택스 로그인 → 합산배제·과세특례 신고 메뉴 → 미리채움으로 명세 확인 → 진단·모의계산 → 제출입니다. 모바일은 손택스 앱에서 같은 절차를 밟습니다. 마감일인 9월 30일은 자정 전에 접수 완료까지 돼야 합니다. 30일 밤에 몰아서 하기보다 하루 이틀 앞서 모의계산까지 끝내 두는 편이 안전합니다. 마감 직전에는 접속이 몰리고, 진단 결과가 예상과 다르면 확인할 시간이 필요합니다.
놓치기 쉬운 것 세 가지
첫째, 9월은 신고만 하고 세금은 12월에 냅니다. 두 시기를 헷갈려 9월에 아무것도 하지 않는 경우가 생기는데, 9월을 넘기면 11월 고지서에 반영되지 않습니다. 기간을 놓쳤다면 고지서를 받은 뒤 12월 납부기간에 신고·납부하는 방식으로 바로잡을 수는 있지만 절차가 번거롭습니다.
둘째, 안내문이 오지 않았어도 대상일 수 있습니다. 안내문은 국세청이 대상으로 예상한 4만 8천 명에게 보낸 참고 자료이고, 받지 않았어도 요건에 해당하면 직접 신고할 수 있습니다. 반대로 안내문을 받았다고 자동으로 적용되는 것도 아닙니다.
셋째, 요건을 못 갖췄는데 신청하면 나중에 추징됩니다. 국세청은 합산배제 임대주택이 임대의무기간·임대료 증액 제한 같은 요건을 지키지 못하면 감면받은 세액과 이자상당가산액을 추징한다고 안내하고 있으므로, 진단 기능으로 확인하고 애매하면 국세상담센터(126)나 세무서에 물어본 뒤 제출해야 합니다. 세부 요건은 항목마다 다르고 해마다 바뀌므로 국세청 합산배제 및 과세특례 신고 안내에서 올해 기준을 다시 확인하는 것이 맞습니다.
| 시기 | 내용 |
|---|---|
| 6월 1일 | 과세기준일. 이날 소유자가 납세의무자 |
| 9월 16일~30일 | 합산배제·과세특례 신고·신청 |
| 11월 | 정기고지서 발송 (신고 내용 반영) |
| 12월 | 납부기간 |
자주 묻는 질문
작년에 신청했는데 올해도 해야 하나요
부부 공동명의 1주택자 특례처럼 신청 내용에 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 되는 항목이 있습니다. 물건이 늘거나 요건이 바뀌었으면 다시 신고해야 합니다. 홈택스에서 지난해 신고 내역을 먼저 확인하면 됩니다.
6월에 집을 팔았는데 올해 종부세를 내나요
과세기준일이 6월 1일이므로 그날 소유자가 그해분을 냅니다. 6월 2일 이후에 팔았다면 판 사람이 올해분 납세의무자입니다.
임대주택 요건은 어디서 확인하나요
전용면적·공시가격 등 요건은 법에 정해져 있고 해마다 개정됩니다. 위 국세청 안내 페이지와 홈택스 진단 기능으로 올해 기준을 확인해야 합니다.
참고한 자료
국세청, 「종합부동산세 합산배제 및 과세특례 신고 안내」 (2026-09-28 확인) — 원문
국세청 홈택스, 합산배제·과세특례 전자신고 (2026-09-28 확인) — 원문
국세청 국세상담센터 (2026-09-28 확인) — 원문
국세청, 「공동명의 1주택자 특례」 안내 (공제금액·세액공제, 2026-09-28 확인) — 원문
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본 글은 제도 안내이며 투자 권유가 아닙니다.